Để thực hiện chức năng quản lý nhà nước về giáo dục đại học, Bộ GD-ĐT tạo đã tiến hành khảo sát, thống kê các cơ sở đào tạo thạc sĩ. Đến nay, Bộ GD-ĐT đã nhận được báo cáo của 140 trong 145 cơ sở đào tạo thạc sĩ và đã hoàn thành xử lý kết quả thống kê cho 1002 chuyên ngành đào tạo thạc sĩ. Tuy nhiên, việc thu thập các báo cáo thống kê của các cơ sở đào tạo thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội (ĐH GQHN) chưa đầy đủ. Hiện tại, ĐHQG HN còn 5 cơ sở đào tạo thạc sĩ chưa nộp báo cáo và 4 cơ sở nộp báo cáo không hoàn chỉnh.
Để thống nhất trong việc thực thi quản lý nhà nhà nước về đào tạo thạc sĩ và chuẩn bị cho việc triển khai Luật Giáo dục đại học có hiệu lực từ ngày 1/1/2013, Bộ GD-ĐT đã thông báo cho ĐH GQHN dừng tuyển sinh thạc sĩ từ năm 2013 đối với 9 cơ sở đào tạo thạc sĩ đến khi nhận được thông báo của Bộ GD-ĐT về kết quả xử lý báo cáo thống kê của các cơ sở đào tạo này. Các cơ sở bị yêu cầu tạm dừng tuyển sinh gồm Khoa Sau đại học; Trung tâm Nghiên cứu Tài nguyên và Môi trường; Viện Việt Nam học và Khoa học phát triển; Trường ĐH Công nghệ; Trường ĐH KH Tự nhiên; Trường ĐH KH XH&NV; Trường ĐH Ngoại ngữ; Trường ĐH Giáo dục và Khoa Luật.
Lãnh đạo Bộ GD-ĐT cho biết, các cơ sở đào tạo thạc sĩ nêu trên cần tiếp tục thực hiện và nộp báo cáo thống kê theo quy định về Bộ GD-ĐT để được xử lý. Đối với các học viên thạc sĩ đã trúng tuyển và đang học tập tại các cơ sở đào tạo bị dừng tuyển sinh thạc sĩ, cơ sở đào tạo tiếp tục thực hiện đào tạo theo quy định tại Quy chế đào tạo trình độ thạc sĩ hiện hành.
Trước đó, Bộ GD-ĐT cũng tiến hành đình chỉ tuyển sinh 161 chuyên ngành thạc sĩ của 41 cơ sở đào tạo. Lý do đình chỉ là do không đáp ứng được các điều kiện mở ngành đào tạo.
