Theo điều tra, ngày 18-6-2010, Thanh tra Chính phủ có quyết định số 1730/QĐ-TTCP về việc thành lập đoàn thanh tra theo đơn tố cáo của công dân về những sai phạm trong Dự án Khu đô thị mới Phước Long (Phước Long, TP Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa).
Hàng nghìn người tiễn đưa đôi vợ chồng bị con trai sát hại
Ảnh màu hiếm về người cắm cờ lên nóc dinh Độc Lập ngày 30/4/1975
Ngày 28-8-2010, đoàn thanh tra hoàn tất việc thanh tra ở Khánh
Hòa. Ngày 27-10-2010, từ Hà Nội, Nguyễn Mạnh Hà gửi văn bản dự thảo Kết luận thanh tra (35 trang khổ giấy A4) vào Nha Trang cho ông H, Giám đốc một công ty tư nhân có trụ sở ở Nha Trang.
Theo văn bản dự thảo kết luận thanh tra này, hàng loạt quan chức địa phương từ phường Phước Long đến TP Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa đều có sai phạm và bị kiến nghị chuyển cơ quan công an điều tra, xử lý hình sự.
Sau đó, một số quan chức địa phương ở phường Phước Long và TP Nha Trang bị nhận định mắc sai phạm nghiêm trọng trong bản dự thảo Kết luận thanh tra này đã làm đơn tố cáo ông H vì ông này đã cầm bản dự thảo Kết luận thanh tra nói trên đi gặp họ để gạ gẫm chạy tội.
Đến ngày 30-1-2011, Thanh tra Chính phủ chính thức có kết luận số 157/KL-TTCP về Dự án khu đô thị mới Phước Long nhưng nội dung kết luận không giống bản dự thảo, các quan chức mắc sai phạm liên quan đến dự án đều không bị kiến nghị điều tra, xử lý hình sự.
Liên quan đến vụ “cố ý làm lộ bí mật nhà nước” này, trước khi Nguyễn Mạnh Hà bị bắt tạm giam, 3 cán bộ có liên quan thuộc Thanh tra Chính phủ cũng đã bị xử lý kỷ luật và cơ quan công an đang tiếp tục làm rõ các liên quan.