Năm học 2016-2017, trường THPT chuyên Hà Nội - Amsterdam tuyển 200 học sinh bằng hình thức xét tuyển.
Đối tượng tuyển sinh là học sinh hoặc bố, mẹ học sinh có hộ khẩu thường trú tại Hà Nội, hoàn thành chương trình tiểu học và phải đạt học lực giỏi ở các năm lớp 1, 2, 3; được đánh giá hoàn thành học lớp 4,5.
Cùng với đó, các năm học từ lớp 1 đến lớp 5 tổng điểm bài kiểm tra định kỳ cuối năm hai môn tiếng Việt và Toán phải đạt từ 19 điểm trở lên.
Hạnh kiểm của học sinh từ lớp 1 đến lớp 3 là thực hiện đầy đủ các nhiệm vụ của học sinh tiểu học, lớp 4 và lớp 5 phần đánh giá năng lực và phẩm chất phải được đánh giá đạt.
Điểm xét tuyển vào trường là tổng điểm của Điểm học tập từ lớp 1 đến lớp 5, Điểm ưu tiên và Điểm khuyến khích.
Nhà trường cũng đưa ra bảng quy đổi điểm kết quả học tập của học sinh theo từng năm học, quy đổi điểm ưu tiên và khuyến khích cùng thông tin về việc chỉ được tính điểm khuyến khích cho học sinh tham gia các giải theo công văn của Sở GD&ĐT Hà Nội.
Học sinh trúng tuyển sẽ lấy điểm từ cao xuống thấp. Trường hợp học sinh đạt điểm xét tuyển trùng nhau vượt chỉ tiêu được giao, hội đồng tuyển sinh nhà trường sẽ xét tổng điểm khuyến khích của toàn bộ các giải thưởng học sinh đạt được từ lớp 1 đến lớp 5 và xếp thứ tự từ cao xuống đến đủ chỉ tiêu.
Điểm khuyến khích được tính theo quy đổi đã quy định với từng loại giải và các cấp chứng nhận giải.
Ngày 5/6 nhà trường phát hành đơn và hướng dẫn tuyển sinh vào lớp 6 năm học 2016-2017 trên website nhà trường. Học sinh không in được đơn, trường sẽ phát miễn phí ngày 11-12/6 theo giờ hành chính.
Từ 15/6-17/6 nhà trường nhận đơn và hồ sơ dự xét tuyển vào lớp 6. Từ 23/6-24/6 trường thông báo cáo dữ liệu xét tuyển của học sinh và nhận đơn xin chỉnh sửa dữ liệu chưa đúng tại trường.
Ngày 29/6, trường thông báo kết quả trúng tuyển. Từ 1/7-3/7 trường tiếp nhận hồ sơ trúng tuyển (bản chính).
Cách quy đổi điểm vào trường dựa vào bảng sau: