Theo Quyết định số 266/QĐ-UBND ngày 15/1/2025 của Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội, tổ chức lại Trường Trung học phổ thông Chu Văn An thành Trường Trung học phổ thông chuyên Chu Văn An thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội; địa chỉ nhà trường tại số 10, đường Thụy Khuê, phường Thụy Khuê, quận Tây Hồ (Hà Nội).
Theo Quyết định số 265/QĐ-UBND ngày 15/1/2025 của Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội, tổ chức lại Trường Trung học phổ thông Sơn Tây thành Trường Trung học phổ thông chuyên Sơn Tây thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội; địa chỉ nhà trường tại số 57, đường Đền Và, phường Trung Hưng, thị xã Sơn Tây (Hà Nội).
Theo đó, Trung học phổ thông chuyên Chu Văn An và Trường Trung học phổ thông chuyên Sơn Tây được tổ chức và hoạt động tuân thủ các quy định hiện hành của Bộ Giáo dục và Đào tạo đối với trường trung học phổ thông chuyên.
Trung học phổ thông chuyên Chu Văn An và Trường Trung học phổ thông chuyên Sơn Tây chịu chỉ đạo, quản lý trực tiếp, toàn diện của Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội và các cơ quan khác có liên quan.
Như vậy, năm học 2024-2025, thành phố Hà Nội có các trường trung học phổ thông chuyên trực thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo như sau:
Trường Trung học phổ thông chuyên Hà Nội - Amsterdam
Trường Trung học phổ thông chuyên Nguyễn Huệ
Trường Trung học phổ thông chuyên Chu Văn An
Trường Trung học phổ thông chuyên Sơn Tây