Kỳ họp được tổ chức theo hình thức họp tập trung và chia thành 2 đợt: Đợt 1, từ ngày 17/10 tới 14/11; đợt 2, từ ngày 20 và 21/11 (dự phòng bế mạc ngày 23/11).
Kỳ họp dự kiến kéo dài 28 ngày, trong đó Quốc hội bố trí họp 6 ngày thứ Bảy, 1 ngày Chủ nhật; từ ngày 15 tới ngày 19/11, Quốc hội nghỉ để các cơ quan của Quốc hội, Chính phủ và các cơ quan hữu quan tiếp thu, chỉnh lý, hoàn thiện các dự thảo luật, nghị quyết.
Việc chuẩn bị Kỳ họp thứ 2, Quốc hội khóa XVI được tiến hành kỹ lưỡng. Ủy ban Thường vụ Quốc hội chỉ đạo quyết liệt, sát sao, Thường trực Hội đồng Dân tộc, các Ủy ban của Quốc hội phối hợp chặt chẽ với các cơ quan của Chính phủ khẩn trương hoàn thiện các hồ sơ, tài liệu được xem xét, quyết định tại Kỳ họp gửi các đại biểu Quốc hội theo quy định của pháp luật.
Bên cạnh đó, Ủy ban Thường vụ Quốc hội chỉ đạo Tổng Thư ký Quốc hội, Chủ nhiệm Văn phòng Quốc hội chủ trì, phối hợp chặt chẽ với các cơ quan hữu quan bảo đảm chuẩn bị kỹ lưỡng, chu đáo về cơ sở vật chất, an ninh, an toàn, thông tin tuyên truyền, lễ tân, hậu cần, y tế... phục vụ Kỳ họp thứ 2.
Theo thông báo từ Văn phòng Quốc hội, về công tác lập pháp, tại kỳ họp này, có 47 dự án luật, nghị quyết (xem xét, thông qua 43 dự án; cho ý kiến 4 dự án); trong đó: 42 dự án luật và 1 dự án nghị quyết do Chính phủ trình; 1 dự án luật và 1 dự án nghị quyết do Viện Kiểm sát nhân dân tối cao trình.
Các dự án dự kiến được xem xét, thông qua gồm nhiều nội dung quan trọng, như dự án: Bộ luật Hình sự (sửa đổi), Bộ luật Tố tụng hình sự (sửa đổi), Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự (sửa đổi), Luật An ninh dữ liệu, Luật Bảo vệ công trình quan trọng liên quan đến an ninh quốc gia, Luật Bưu chính (sửa đổi), Luật Đất đai (sửa đổi), Luật Đấu giá tài sản (sửa đổi), Luật Đấu thầu (sửa đổi) và Luật Định danh và xác thực điện tử….
Cùng với công tác lập pháp, Quốc hội xem xét, quyết định các vấn đề kinh tế-xã hội, tài chính, ngân sách. Trong đó, Quốc hội xem xét báo cáo tình hình thực hiện kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội năm 2026, dự kiến kế hoạch năm 2027 và quyết định kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội năm 2027.
Về công tác giám sát và một số nội dung quan trọng khác, tại kỳ họp này, Quốc hội sẽ nghe báo cáo và xem xét: Báo cáo tổng hợp ý kiến, kiến nghị của cử tri và nhân dân gửi đến Kỳ họp thứ 2, Quốc hội khóa XVI; các báo cáo về kết quả giám sát việc giải quyết kiến nghị của cử tri, tiếp công dân, xử lý đơn, thư và giải quyết khiếu nại, tố cáo của công dân.
Đặc biệt, tại kỳ họp này, Quốc hội sẽ tiến hành phiên chất vấn, trả lời chất vấn và xem xét, quyết định nội dung khác thuộc thẩm quyền.
Tại Kỳ họp thứ 2, Quốc hội khoá XVI, có 10 nhóm nội dung các cơ quan gửi báo cáo để đại biểu Quốc hội nghiên cứu, làm cơ sở để thực hiện quyền giám sát và xem xét các nội dung theo quy định.
Đáng chú ý, Chính phủ đề nghị bổ sung 5 nội dung, gồm: Nghị quyết về cơ chế, chính sách đặc thù phát triển du lịch; cơ chế, chính sách phát triển trung tâm lọc hóa dầu và năng lượng quốc gia tại Khu kinh tế Dung Quất, tỉnh Quảng Ngãi; chủ trương đầu tư đường bộ cao tốc Bảo Hà - Lai Châu; chủ trương đầu tư đường bộ cao tốc Quảng Ngãi - Kon Tum; chủ trương đầu tư đường bộ cao tốc Sơn La - Điện Biên.
Hai nội dung khác do đại biểu Quốc hội đề nghị bổ sung là Nghị quyết về điều chỉnh địa giới hành chính giữa thành phố Hà Nội và tỉnh Phú Thọ tại khu vực Vườn quốc gia Ba Vì; Nghị quyết về chính sách đặc thù áp dụng chung cho các dự án đường bộ cao tốc giai đoạn 2026 - 2030.
Về các nội dung đề nghị bổ sung, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã đề nghị Chính phủ chỉ đạo khẩn trương nghiên cứu, rà soát, đánh giá rõ sự cần thiết, khả năng chuẩn bị; gửi hồ sơ tài liệu các nội dung cần bổ sung chậm nhất là ngày 25/10 để các cơ quan của Quốc hội thẩm tra, Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho ý kiến và sẽ báo cáo Quốc hội trên cơ sở cơ quan trình có hồ sơ cụ thể.