Thực chất việc chuyển đổi các trường từ dân lập sang tư thục thực chất là chuyển đổi từ hình thức sở hữu tập thể sang hình thức sở hữu tư nhân. Tuy nhiên, trong khi quy chế 61 và thông tư 20 lại không hề quan tâm đến vấn đề chuyển đổi sở hữu này.
Theo thông tư 20, việc chuyển đổi thực tế là mang tài sản tập thể sang cho cá nhân.
Theo quy định, tài sản tích lũy trong quá trình hoạt động của trường dân lập sau khi trừ các chi phí là tài sản không chia. Tuy vậy, không phải các cá nhân sáng lập và nhà góp vốn đều thông suốt quan điểm này, có người đề nghị phải chia và chia nhiều, chia hết...
Một khó khăn khác trong quá trình chuyển đổi là khi thành lập các trường dân lập đều có các tổ chức bảo trợ, khi chuyển sang tư thục sẽ không có tổ chức bảo trợ. Các tổ chức này cũng đòi được phân chia quyền lợi.
Theo quy định, thành viên HĐQT của trường ĐH tư thục phải là những người có số lượng cổ phần đóng góp ở mức cần thiết theo quy định của trường đó. Lãnh đạo nhiều trường cho rằng HĐQT là những người có tiền được bầu ra. Vì vậy, khi chuyển đổi trường sang tư thục nếu đem giao khối tài sản này cho HĐQT là điều khó chấp nhận.
Trong khi nhiều người ở trường dân lập góp công làm nên khối tài sản chung không chia này lại không có tiền để góp vốn vào trường tư thục, và như vậy họ không được quyền bầu ra HĐQT. Do đó, họ bị tước mất quyền sở hữu đối với khối tài sản này. Và khi tài sản này giao cho những người không đại diện cho họ quản lý, tất nhiên họ không đồng ý.
Chỉ khi nào vấn đề lợi ích của các bên được giải quyết thỏa đáng thì tiến trình chuyển đổi từ dân lập sang tư thục mới trôi chảy được.
