Như Báo Điện tử Giáo dục Việt Nam đã đưa, ngày 11/10/2013, Bộ trưởng Giáo dục và Đào tạo lúc đó là ông Phạm Vũ Luận đã ban hành Quyết định số 4674, thu hồi bằng Tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế. Người thay mặt Bộ trưởng Phạm Vũ Luận khi đó ký quyết định 4674 là Thứ trưởng Bùi Văn Ga.
Cho rằng mình đã bị tố cáo sai sự thật và Bộ Giáo dục và Đào tạo đã ban hành Quyết định 4674 trái pháp luật, ông Hoàng Xuân Quế đã khởi kiện ra Tòa án Nhân dân Thành phố Hà Nội.
Sau nhiều lần xét xử, ngày 14/12/2018, Toà án Nhân dân Thành phố Hà Nội đã ban hành bản án số 197 tuyên huỷ quyết định 4674 của Bộ Giáo dục và Đào tạo "Về việc thu hồi bằng tiến sĩ ngành kinh tế của ông Hoàng Xuân Quế, trường Đại học kinh tế Quốc dân.
Kiến nghị Bộ Giáo dục và Đào tạo và các cơ quan chức năng có thẩm quyền khôi phục lại học hàm, học vị cho ông Hoàng Xuân Quế.
Ngày 04/01/2019, Bộ Giáo dục và Đào tạo nộp đơn kháng cáo Bản án sơ thẩm nói trên . Ngày 26/03/2019, Tòa án Nhân dân cấp cao tại Hà Nội ban hành Quyết định số 06/2019/QĐ – PT, bác đơn kháng cáo của Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Vì vậy, bản án hành chính sơ thẩm 197/2018/HCST ngày 14/12/2018 của Tòa án Nhân dân Thành phố Hà Nội có hiệu lực thi hành pháp luật ngay và tất cả các văn bản hành chính căn cứ vào Quyết định 4674 ngày 11/10/2013 của Bộ Giáo dục và Đào tạo đều bị vô hiệu.
Căn cứ bản án số 197, ngày 22/04/2019, Cục thi hành án dân sự Thành phố Hà Nội đã ra thông báo số 1981 gửi Bộ Giáo dục và Đào tạo, nói rõ: Thời hạn tự nguyện thi hành án là 30 ngày kể từ ngày nhận được bản án của Tòa án nhân dân Thành phố Hà Nội.
Ngày 8/5/2019, Bộ Giáo dục và Đào tạo có văn bản 1950/BGDĐT-GDĐH gửi Hội đồng chức danh Giáo sư Nhà nước và Đại học Kinh tế Quốc dân về việc khôi phục học hàm, học vị cho ông Hoàng Xuân Quế.
Dư luận xã hội hoan nghênh động thái này của lãnh đạo đương nhiệm Bộ Giáo dục và Đào tạo và cho rằng, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã nghiêm túc chấp hành phán quyết của các cơ quan bảo vệ pháp luật.
Dư luận xã hội cũng đánh giá cao các cơ quan tư pháp đã khách quan, công tâm, trách nhiệm và đã trả lại sự công bằng cho ông Hoàng Xuân Quế.