Trên cơ sở Kết luận của Hội đồng trường nhiệm kỳ 2020-2025 tại kỳ họp lần thứ 27, Trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh chính thức công bố việc thành lập ba đơn vị đào tạo thuộc gồm Trường Y, Trường Dược và Trường Điều dưỡng - Kỹ thuật Y học.
Trường Y được thành lập theo Nghị quyết số 40/NQ-HĐT ngày 06/6/2025 trên cơ sở tổ chức lại Khoa Y thuộc Trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh.
Cơ cấu tổ chức gồm Hiệu trưởng, các Phó Hiệu trưởng, Hội đồng Khoa học - Đào tạo, 03 phòng chức năng (Quản trị tổng hợp; Khoa học - Đào tạo - Đối ngoại; Đảm bảo chất lượng giáo dục và Khảo thí), 30 bộ môn cùng hai trung tâm là Trung tâm Bác sĩ gia đình và Trung tâm Huấn luyện nâng cao mô phỏng lâm sàng.
Trường Dược được thành lập theo Nghị quyết số 38/NQ-HĐT, trên cơ sở tổ chức lại từ Khoa Dược thuộc Trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh.
Cơ cấu tổ chức gồm Hiệu trưởng, Các Phó Hiệu trưởng; Hội đồng Khoa học - Đào tạo; 03 phòng chức năng (Quản trị tổng hợp; Khoa học - Đào tạo - Đối ngoại; Đảm bảo chất lượng giáo dục và Khảo thí) và 12 bộ môn.
Trường Điều dưỡng - Kỹ thuật Y học được thành lập theo Nghị quyết số 39/NQ-HĐT trên cơ sở tổ chức lại Khoa Điều dưỡng và Kỹ thuật Y học thuộc Trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh.
Cơ cấu tổ chức gồm Hiệu trưởng, Các Phó Hiệu trưởng; Hội đồng Khoa học - Đào tạo; 03 phòng chức năng (Quản trị tổng hợp; Khoa học - Đào tạo - Đối ngoại; Đảm bảo chất lượng giáo dục và Khảo thí); 08 bộ môn và Trung tâm Huấn luyện kỹ năng Điều dưỡng - Kỹ thuật Y học.

Theo Phó Giáo sư, Tiến sĩ Ngô Quốc Đạt - Hiệu trưởng Trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh, việc thành lập ba trường là tiền đề để xây dựng mô hình tổ chức hiện đại, phát huy khả năng sáng tạo, nâng cao năng lực tự chủ, tự chịu trách nhiệm; khẳng định vai trò dẫn dắt trong công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học, phục vụ cộng đồng theo định hướng phát triển Trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh trở thành đại học hàng đầu Việt Nam và trong nhóm 100 đại học hàng đầu châu Á về lĩnh vực khoa học sức khỏe.
Với cơ chế tổ chức và hoạt động mới, mỗi trường sẽ có điều kiện thuận lợi để phát triển chương trình đào tạo, nghiên cứu khoa học và thực hành y tế chuyên sâu với tinh thần phụng sự cộng đồng.
Hiện tại, bên cạnh ba trường mới, nhà trường tiếp tục duy trì hoạt động của bốn khoa: Răng - Hàm - Mặt, Y tế công cộng, Y học cổ truyền, Khoa học cơ bản; 02 đơn vị khám chữa bệnh, 11 phòng chức năng, 07 trung tâm và 03 đơn vị khác.
Theo định hướng phát triển, Trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh đang trong tiến trình chuyển mình trở thành một đại học đa ngành, đa lĩnh vực với chiến lược xây dựng mô hình đại học đạt chuẩn quốc tế.
Trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh được thành lập năm 1947. Tính đến năm 2024, trường đã đào tạo khoảng 58.287 sinh viên tốt nghiệp đại học, trong đó khoảng 22.541 Bác sĩ Y khoa, 14.205 Dược sĩ, 3.608 Bác sĩ Y học cổ truyền, 4.211 Bác sĩ Răng hàm mặt, 884 Bác sĩ Y học dự phòng, và 12.838 cử nhân các ngành khác.
Hiện trường có quy mô đào tạo khoảng 15.000 sinh viên, với các ngành đào tạo hệ đại học chính quy: Y khoa, Y học dự phòng, Y học cổ truyền, Răng - Hàm - Mặt, Dược học, Hóa dược, Điều dưỡng (gồm cả chuyên ngành Gây mê hồi sức, Hộ sinh), Hộ sinh, Kỹ thuật xét nghiệm y học, Kỹ thuật hình ảnh y học, Kỹ thuật phục hồi chức năng, Kỹ thuật phục hình răng, Dinh dưỡng, Y tế công cộng và Công tác xã hội.
Ở bậc sau đại học, trường triển khai 168 chuyên ngành với các loại hình đào tạo: 28 chuyên ngành bác sĩ nội trú, 46 chuyên ngành chuyên khoa cấp I, 47 chuyên ngành chuyên khoa cấp II, 25 chuyên ngành thạc sĩ và 22 chuyên ngành tiến sĩ.