Theo thống kê của Tạp chí điện tử Giáo dục Việt Nam, hiện nay, trong số 14 bộ và 3 cơ quan ngang bộ, có 14 bộ và 1 cơ quan ngang bộ đang trực tiếp quản lý các cơ sở giáo dục đại học công lập.
Theo Kế hoạch số 06-KH/TW ngày 28/7/2026 của Bộ Chính trị, trước ngày 1/4/2027, cả nước sẽ giảm tối thiểu 20% đầu mối cơ sở giáo dục đại học công lập.
Định hướng được Bộ Chính trị nêu rõ là chuyển cơ sở giáo dục đại học đa ngành, đa lĩnh vực về Bộ Giáo dục và Đào tạo hoặc địa phương quản lý, sáp nhập, hợp nhất cơ sở giáo dục trên cùng địa bàn, trừ các cơ sở giáo dục thuộc lĩnh vực đặc thù.
Ngoài 41 đầu mối cơ sở giáo dục đại học trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo, theo thống kê của Tạp chí điện tử Giáo dục Việt Nam, hiện có khoảng 55 cơ sở giáo dục đại học thuộc nhóm đặc thù, gồm 31 trường thuộc khối quốc phòng - an ninh, 13 trường thuộc Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch và 11 trường thuộc Bộ Y tế.
Như vậy, ngoài 96 đầu mối cơ sở giáo dục đại học trực thuộc 2 nhóm trên, hiện có khoảng 34 cơ sở giáo dục đại học trực thuộc 10 bộ, cơ quan ngang bộ khác, gồm Bộ Công Thương, Bộ Xây dựng, Bộ Nông nghiệp và Môi trường, Bộ Tài chính, Bộ Ngoại giao, Bộ Nội vụ, Bộ Tư pháp, Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Dân tộc và Tôn giáo, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.
Các trường đại học trực thuộc các bộ, cơ quan ngang bộ (không bao gồm Bộ Giáo dục và Đào tạo và nhóm đặc thù):
| Bộ, cơ quan | Cơ sở giáo dục đại học trực thuộc |
| Bộ Công Thương (9) | Đại học Công nghiệp Hà Nội; Trường Đại học Công nghiệp Thành phố Hồ Chí Minh; Trường Đại học Kinh tế - Kỹ thuật Công nghiệp; Trường Đại học Điện lực; Trường Đại học Công Thương Thành phố Hồ Chí Minh; Trường Đại học Công nghiệp Việt Trì; Trường Đại học Công nghiệp Việt - Hung; Trường Đại học Công nghiệp Quảng Ninh; Trường Đại học Sao Đỏ. |
| Bộ Xây dựng (8) | Học viện Hàng không Việt Nam; Trường Đại học Hàng hải Việt Nam; Trường Đại học Giao thông vận tải Thành phố Hồ Chí Minh; Trường Đại học Công nghệ Giao thông vận tải; Trường Đại học Kiến trúc Hà Nội; Trường Đại học Kiến trúc Thành phố Hồ Chí Minh; Trường Đại học Xây dựng Miền Trung; Trường Đại học Xây dựng Miền Tây. |
| Bộ Nông nghiệp và Môi trường (6) | Học viện Nông nghiệp Việt Nam; Trường Đại học Thủy lợi; Trường Đại học Lâm nghiệp; Trường Đại học Nông - Lâm Bắc Giang; Trường Đại học Tài nguyên và Môi trường Hà Nội; Trường Đại học Tài nguyên và Môi trường Thành phố Hồ Chí Minh. |
| Bộ Tài chính (5) | Học viện Tài chính; Học viện Chính sách và Phát triển; Trường Đại học Tài chính - Marketing; Trường Đại học Tài chính - Quản trị kinh doanh; Trường Đại học Tài chính - Kế toán |
| Ngân hàng Nhà nước Việt Nam (2) | Học viện Ngân hàng; Trường Đại học Ngân hàng Thành phố Hồ Chí Minh |
| Bộ Ngoại giao (1) | Học viện Ngoại giao |
| Bộ Nội vụ (1) | Trường Đại học Lao động - Xã hội |
| Bộ Tư pháp (1) | Trường Đại học Luật Hà Nội |
| Bộ Khoa học và Công nghệ (1) | Học viện Công nghệ Bưu chính Viễn thông |
| Bộ Dân tộc và Tôn giáo (1) | Học viện Dân tộc |
Mô hình quản lý còn phân tán giữa các bộ, ngành
Thực tế nhiều năm qua, hệ thống giáo dục đại học Việt Nam tồn tại mô hình quản lý khá phân tán. Nhiều trường đào tạo cùng lĩnh vực nhưng trực thuộc các bộ khác nhau, dẫn đến đầu mối quản lý chưa thống nhất.
Chẳng hạn, trong lĩnh vực đào tạo luật, Trường Đại học Luật Hà Nội trực thuộc Bộ Tư pháp, trong khi Trường Đại học Luật Thành phố Hồ Chí Minh lại do Bộ Giáo dục và Đào tạo quản lý.
Ở lĩnh vực giao thông, hạ tầng và xây dựng, Trường Đại học Giao thông vận tải thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo, còn Trường Đại học Giao thông vận tải Thành phố Hồ Chí Minh lại trực thuộc Bộ Xây dựng.
Việc nhiều bộ, ngành cùng trực tiếp quản lý cơ sở giáo dục đại học là đặc điểm hình thành qua nhiều giai đoạn phát triển của hệ thống. Tuy nhiên, trong bối cảnh yêu cầu tinh gọn bộ máy và nâng cao hiệu quả quản trị đại học, việc rà soát, sắp xếp lại đầu mối quản lý được kỳ vọng sẽ góp phần giảm sự phân tán nguồn lực, tăng tính thống nhất trong quản lý nhà nước, đồng thời tạo điều kiện để các trường phát huy quyền tự chủ và phát triển theo định hướng mạng lưới giáo dục đại học quốc gia.
